sudo apt-get autoremove
Ez arra jó, hogy a semmilyen program által nem használt "árva" csomagokat kitakarítja.
De minden mást a Hozzáadás/eltávolítás-sal és a Rendszer - Adminisztráció - Synaptic csomagkezelőn keresztül tudsz manuálisan törölni.
Előbbi átlátható, utóbbival viszont óvatosan kell bánni, szóval nem árt tudni, mit tettél fel és mit nem.