Csak halkan megjegyzem, hogy a csomagkezelő takarítását kb. fölöslegesen végezted el (autoclean meg autoremove, ráadásul az autoclean csak a tárolókban már nem elérhető, de a gépen meglévő csomagokat törli, vagyis jelen problémával kapcsolatban semmit). Még ha le is vitt a másik néhány csomagot, ami a PHP, MySQL törlése után fölöslegessé vált, azokat ismételten le kellett töltse, amikor újra telepítetted.
A másik dolog a sorrend. Hogy ne legyenek problémáik a közös munkánál, telepítéskor először az Apache, aztán a PHP, majd a MySQL következik (bizonyos részeik egymásra épülnek, illetve függnek, ha nem találja maga „előtt” a telepítő, amit kell, akkor nem feltétlenül lesznek jók a program beállításai, ezért utólag kézzel kell turkálni a konfig-fájlokban).