Nos, elvileg törölheted, ha nem használsz 3rd party tárolókat, vagy "külsős" csomagokat. Mert emlékeim szerint a lomtalanító ezeket hajlamos benézni (nem tudom, hogy azóta javították-e). Én jobban megbízom az Ubuntu tweak lomtalanítójában, de ez csak az én szubjektív véleményem.
Rootkitre: rkhunter. Meg fogod találni a csomagkezelőben.
Vírusirtó van több is, pl.: clamav, avast, avg, bitdefender, stb...
Ezek általában nem rendelkeznek valós ideű védelemmel, de ha jól emlékszem a clamav-nek van.
Szerintem viszont felesleges a valós idejő védelem (Linuxon), hacsak nem mail/fájl/stb szervert akarsz üzemeltetni.
Abban meg, hogy kell-e egyáltalán vírusirtó Linuxra, megoszlanak a vélemények. A paranoiásabbak inkább felteszik, akik meg nem, azok nem. Egy biztos, ha Win-es gépekkel vagy rendszeres kapcsolatban, azért jól jöhet, hogy legalább őket ne fertőzd meg...