Úgy sejtem, a "Clean Cache", azaz "apt-get clean" megfelelője lehet, míg a "Clean Package" az "apt-get autoremove", és a "Clean Config" meg gondolom eltávolítja a programok törlése után visszamaradt beállító fájlokat.
A cache biztonságosan törölhető, a csomagok letöltésekor átmenetileg ide menti *.deb fájlokat a csomagkezelő, majd telepítés után meghagyja egy darabig még, de a synapticban is be lehet állítani a viselkedését.
A többi valószínű, nem okoz gondot, de azért nem árt megnézni, hogy mit akar leszedi, és utána engedélyezni. (pl valamelyik törölt programnak adtál valami saját konfigot, vagy valami nagyon furcsa csomagra mondja azt, hogy törölhető stb.)
Nálam még nem okozott galibát, bár nem is nagyon használom. Inkább apt/Synaptic párti vagyok.