fuloprahogy írtad kedvet kaptam és kipróbáltam. A Gnome-os fájlok már meg voltak jelölve, feltettem a xubuntu-desktop csomagot, majd megnéztem hova pakol.
Az XFCE nem külön mappába települ, hanem bekerülnek a .desktop fájlok a /usr/share/applications mappába a Gnome közé.
Telepítés után tehát ezt a scriptet kell futtatni:
#!/bin/bash
cd /usr/share/applications
for i in *.desktop; do
if ! grep -q ^OnlyShowIn= $i; then echo "OnlyShowIn=XFCE;" >> $i; fi
done