Nekem valami ezek közül segített eltüntetni a keretet (már nem emlékszem pontosan sajna):
double_buffer yes
own_window yes
own_window_transparent yes
own_window_type override
own_window_transparent yes
own_window_hints undecorated,below,sticky,skip_taskbar,skip_pager
Sőt, gépindulás után nekem késleltetve is van a conky indulása, mert ismét berakja a keretet.