Az ikonok méretével függ össze. A Windowsban az ikonok általában 32×32 pixelesek. Ez egy az egyben kerül ki a monitorra. Linuxon különféle méretben vannak letárolva, pl. 32×32, 42×42 stb. Ha ekkorák a monitoron az ikonok, nincs semmi gond. Ha a kettő közöttire állítottad, akkor vagy a nagyobbat kicsinyíti le, vagy a kisebbet nagyítja fel. Mindkét esetben homályosabb lesz. Az ikonokat általában a legnagyobb méretben készítik: 256×256. A program (pl. az Inkscape) exportál belőle kisebb méretűeket is. Ezek homályosabbak lesznek a kicsinyítés során.
Ugyanez van a Windowsban is, de te kevésbé látod, mert élénkek a színek. A másik, hogy minden mérethez külön készültek ikonok. A mappa ikon kis méretben nem a nagy méretű lekicsinyítése, hanem egy teljesen más forma; pl. 16×16-os méretben szerkesztették olyan színekben, amelyek ICO formába való konvertáláskor nem módosulnak. Ha „official” ikonkészletet használsz a Linuxban, akkor az lesz a legszebb, hiszen gondot fordítottak a méretre, a színekre is. (Legalábbis kellett volna).
A másik dolog, hogy Windowsban gyári ikonok vannak, a videókártya meghajtója eredeti és a legtöbbet hozza ki belőle. (Linuxon csak ócska utánzat.) Az élsimítás Windowban optimalizálva van a gyári dolgokra (remélem), pl. színek, ikonok, 3D-s objektumok, szélek (minden olyan dolog, amit a fejlesztőkörnyezetben pontosan beállítottak).
A Linuxban ilyenekre kevésbé gondolnak. Ahány disztró, annyi féle X.org és KDE és GNOME. És annyi féle képmegjelenítési library, pl. a libpng forrása nem biztos, hogy bitre megegyezik két disztróban, így nem várható el az egyezőség.
Valami ilyesmire gondoltam. :D