Compiz be van kapcsolva? Azzal szokott összeakadni alkalmanként.
Nyomj Alt-F2-t, írd be, hogy killall conky. Utána mégegyszer Alt-F2, és írd be, hogy conky. Ha ezután is akad, akkor most nincs ötletem.
Ha nem akad, akkor jó, állítsd be, hogy bejelentkezéskor kis késleltetéssel induljon a conky. Az indítópultba ilyet kell írni a megfelelő helyre: sleep 5 && conky. Hogy mi ez a megfelelő hely, most meg nem tudom neked mondani, (openboxot használok, nem Gnome-ot)