trtSzia, közben egy korábbi, hasonló téma szerzőjével egyeztetve megoldódott a problémám, a gnokii segítségével.
A pkill minicom egyébként azért nem bizonyult jónak, mert futnia kell egy bash scriptnek, ami paraméteresen elindítja a minicomot, amelyhez viszont egyedi script filet kell betölteni paraméteresen, ebben van benne a megfelelő AT parancs. Ekkor be is kerül a fileba az SMS, de a minicom leáll, viszont AT parancsra várva, tehát nem adja vissza a vezérlést a bash scriptnek, így a pkill csak a minicomból való manuális kilépés után fut le.
A gnokii telejsen jónak bizonyult erre a célra, az smsek kiolvasása, és a törlés is remekül működik egy egyszerű bash scriptből, és a végrehajtás, valamint az SMS-ek filebaírása után meg isz szakítja a kapcsolatot, kilép a programból, és visszaadja a vezérlést a scriptnek.
Minicom kapcsán lehet csak én nem jöttem rá a dolog nyitjára, de nem sikerült ez megoldanom.
Tehát a problémám megoldódottnak látszik, azért köszönöm a segítséget!