BBRolandAháá :-)
Akkor is jobb lenne ha inkább a polkit-ben, vagy csoporttagsággal engeded meg a userkénti futtatást.
Ha rootként kell futtatni, akkor csak az rc.local jöhet szóba, azzal meg az a baj, hogy valóban rootként futtatja, tehát a user a root lesz, és mindent a root saját könyvtárába írogat, nem a tiédbe, A sudo - val esetleg lehet variálni, de elég macerás, és grafikus felületekhez nem mindíg jó.
Lásd : man sudo