Simán csak fogsz egy fájlkezelőt, pl. mc-t, aztán a /home könyvtárból (mappából) mindent átmásolsz a másik adathordozóra. Haladó szinten ezt lehet rsync-kel súlyosbítani, vagy pl. az erre a célra kifejlesztett ubuntus programot, a deja-dup alkamazást használni.
http://www.howtogeek.com/108869/how-to-back-up-ubuntu-the-easy-way-with-dj-dup/
Minél előbb mentsél, amíg tudsz!