Magában az
update
a rendszeredet nem fogja frissíteni, (ha jól tudom) az a felvett tárolók listáját (vagy valami ilyesmi) frissíti.
A rendszert terminálból a
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
párossal frissíts.
Egyazon műveletet konzolos és grafikus felületet végrehajtani felesleges.