A zeneszámok adatlapja alapján való összehasonlítás lenne (elvileg) a leghasznosabb. Sok "ID3 Tag" szerkesztő program létezik, melyek egy nagy netes adatbázisból veszik az adatokat (általában a szám hossza alapján).
Én - biztonsági okokból - készítenék egy másolatot az állományaidról, majd albumonként automatizálva ráereszteném egy ilyen programra, ami kitölti az adatlapját (előadó, szám címe, év, album. Egy szám több albumon is előfordulhat különböző verziókban, pl.: stúdió felvétel, koncert, akusztikus).
Aztán ID3 alapján át is nevezném az zeneszámokat, de ez mellékes lépés, valójában az ID3 infókól készített adatbázis alapján szelektálnám a felesleges állományokat. (Adatbázis neve legyen mondjuk zene.csv)
Az eljárás hátrány az, hogy a rosszul rögzített zenefájlokat valószínűleg nem fogja felismerni a program, nem így ID3 Tag-et sem készít hozzá. Teljes egészében a netes adatbázis állapotától függ, mennyire lesz sikeres a munka.
Viszont az általad konvertált .flac és .mp3 állományoknak azonos hossza lesz, így az általad generált adatbázisban (zene.csv) ha az ismeretlen előadók számait hossz szerint rendezed, akkor ki tudod szűrni az egyezést.