A linux az nem vindóz, vagyis teljesen felesleges a rendszert újraindítgatni. Nyilván nem tudtál minden kapcsolódó processzt leállítani, ezért érezhetted szükségét az újraindításnak.
Minden folyamatot a PID-je azonosít, ez alapján a legbiztosabb a leállítása, de lehetséges a neve alapján is:
pkill wine
Ajánlom a crontabot, ezzel lehet időzíteni.