HtibiA tartalék kernel másik partíción van? Mert ha az elindul, akkor nem hinném, hogy a fájlrendszer a hibás.
Amúgy nem tudom, hogy Ubuntu hogy csinálja, mert én Arch-ot használok, de az minden bootoláskor, mielőtt felcsatolná az fstab-ba beírt partíciókat, futtat rajtuk egy fsck-t.