Igen sajnos ez olyan mint a legó..
A shell témát külön kell beállítanod.
Viszont van egy sejtésem, hogy mi lehet nálad egész pontosan a gond.
A snap csomagok miatt lehet. Ha beállítasz egy gtk témát az "ablakok"-ra a rendszerben az a snap-ból telepített programokra nincs hatással. Azok néha hajlandóak ilyen régimódi windows 95 szerűen is kinézni. Tehát a snap program nem hajlandó használni az általad beállított témát. Szerintem ez lehet nálad a probléma.
Ez azért van, mert a snap csomagokban már benne van egy beállított gtk téma (valami alap rondaság) és csak azt használja, mert konténeren belül van.
Nézd meg, hogy az általad kívánt program snap verzió e snap list
és ha igen, akkor töröld és telepíts deb verziót.
Akkor működni fog a téma.
Van mód egyébként a snap csomagok témázásához, de kicsit trükkös. Google és Youtube tud segíteni ebben.