Szerintem akkor jársz a legjobban, ha simán felrakod a yt-dlp-t ebből a PPA-ból, majd egyszerűen paraméterek nélkül futtatod a megfelelő webcímmel. Külön-külön szerintem nincs értelme letölteni a legjobb hangot és videót, mert az esetek egy részében amúgy sem lehet őket csak úgy egy konténerbe tenni, mert a konténerek sem támogatják az összes hang- és videókodeket.
Persze ha nagyon akarod akkor ffmpeg segítségével összerakhatod őket, de a kodekektől függ, hogy ez értelmes-e, például:
ffmpeg -i video.mp4 -i audio.wav -c copy output.mkv