Egy kis googlezás nekem ezt hozta ami elég használhatónak tűnik: http://outflux.net/software/pkgs/EPROM/
De mivel nem vagyok járatos a témában így egy google keresés is elég vaktában tüzelés számomra. HUP esetleg, ott több a szaki. Egy "programming eeprom linux" kereséssel próbálkoztam.