Hali!
Gnome, KDE és társai nem grafikus felületek, hanem ablakkezelő alkalmazások (de javítsatok ki, ha tévedek), szóval ha több ilyened is van, szerintem logikus, hogy az újonnan telepített ablakkezelőhöz tartozó programokat a másik ablakkezelőből is látod, engem egyébként nem zavar.
Én a kubuntut telepítettem, majd utána adepttel felraktam az ubuntu-desktop csomagot, nekem a kde személy szerint jobban tetszik mint a gnome.