Windows-on és Ubuntun is ugyan azt a számítási sebességet érheted el. Nem az oprendszer a kérdés, hanem a szoftver, amit használsz.
Az excel-be ágyazott basic-nél nem sok lassabbat megoldást tudok elképzelni, (bár lenne egy két tippem erre is).
Ha sok egyszerű számítást kell végezned, és futásidő kritikus a dolog, akkor valami alacsonyszintű programozási nyelv kell neked (C/C++/pascal).
Ha viszont nem csak sok a számítás, hanem bonyolult is, amihez jól jönnének előre megírt matematikai függvények, vektorok, komplex számok, stb, akkor érdemesebb egy MatLab-ot vagy Octave-ot (matlab nyilt alternatívája) használni.
Mondjuk ha leírnád, hogy mit akarsz megoldani, akkor könnyebb lenne értelmeset válaszolni...