Szia.
Én úgy tudom, az Ubuntu felépítéséből adódóan nem tud NTFS fájlrendszeren futni, és nem is akarja senki, hogy így legyen. Ha csak egy adatokat tartalmazó partícióról (nem rendszerpartíció) van szó, akkor persze lehet, de szerintem csak újraformázással, és, mint írtad te is, az NTFS partíciót időnként kell töredezettségmentesíteni.