Nos tehát:
Ha jó értelmezem a kérdésed, te feltelepítenéd a Win-t illetve az Ubuntu-t, és az egyik rendszerből nyitogatnád meg a másik rendszeren lévő mappákat.
Linux alól megy a dolog simán, Win alatt ha jól tudom valami plugin, vagy mi a csoda kell a total commanderhez, amivel látod az ext2-3-4 partíciókat. Szegény windows, még nem is tudja olvasni ezeket, de azért istenítik.
A linux disztrók viszont tudják írni-olvasni a FAT, FAT16, FAT32, NTFS, meg az ilyen féle Windows-os fájlrendszereket.
Rendszerösszeomlást akkor okozhat szerintem, ha linux alól törölsz egy windows-os rendszer mappát, ezt meg is teheted minden további trükközés nélkül. Csak utánna persze nem indul majd a Windows. Vagy ha nem rendszer mappát törölsz(teljesen véletlenül, bárkivel megeshet) hanem olyat, ami a játékhoz kell, pl: a kedvenc játékod mentése, na az nagy szívás lehet.
Én mindenesetre azt javaslom, ha nem használod másra a Windows-t mint játék, akkor ne is csatold be a linuxos gyökérfájlrendszerbe.
Így nem igen okozol magadnak galibát.
Egyébként először a Windows-t telepítsd fel, majd utánna a linuxot, ellenkező esetben, a Windows rendszer indítója felül írja a linuxét, és nem fogod tudni indítani. Lehet orvosolni, de elsőre elég bonyolult. A linux telepítése előtt meg olvasd el a súgót.