warpHa jól tudom (ha nem, valaki úgyis oldalba rúg) a clean, autoclean parancsok a /var/cache/apt/archives könyvtárban lévő csomagokat törli. Itt maradnak azok a csomagok amiket apt-get install-al, Synaptic-al, vagy frissítéskor letöltöttél és telepítettél. Szóvel telepítés után már feleslegesek csak a helyet foglalják.
Az autoremove akkor kell ha ha apt-get remove-al vagy Synaptic-al leszedtél valamilyen már korábban feltelepített programot. Ez a parancs leszedi a törölt programmal korábban függőségként hozott olyan telepített csomagokat amit semmi más nem használ. Szóval amik csak úgy lógnak a levegőbe és ezek is csak a helyet foglalják.
Remélem kimerítő volt a válaszom:)