Ha el akarod érni windózból akkor NTFS (figyelem, ugyanúgy töredezni fog mint win alatt, azaz nem árt karban tartani windózból) vagy esetleg ext3 (ehhez win alá telepíteni kell egy kis programocskát hogy lássa. Itt egy leírás, hogy hogyan is kell csinálni: http://hogyan.org/ext2-ext3-windows)
Ha nem, akkor ext3 vagy ext4.