thxerIgen, az fcgi miatt bajban voltam, elvileg annak mennie kéne. Próbáld ki exec('whoami') paranccsal. Esetleg érdekes lenne még egy $_ENV['user'] kiiratása is.
Egyébként ha nincs joga a felhasználónak akkor is tudja futtatni a /etc/init.d/apache2 fájlt (nem tudom miért), és hiba nélkül végre is hajtódik, csak éppen a daemonnal nem történik semmi. Szerintem valami hasonlóról lesz szó.
Ha máshogy nem megy próbálj meg a usernek mindenre jogot adni (próbának csak, utána le lehet szedni).