Probléma megoldva.
Létrehoztam egy másik felhasználót a gépen, beléptem vele, és láss csodát, úgy nincs 100% CPU használat. Ha viszont a megszokott felhasználóként léptem be, akkor igen.
Kiléptem, és tty1-es konzolon töröltem a felhasználói mappámban minden olyan rejtett konfigurációs könyvtárat, ami a Gnome-hoz kapcsolódik. Újra bejelentkezve a telepítés utáni puritán Gnome felület fogadott, viszont a CPU használat üresjáratban végre nem 100% volt, hanem 2-3%, azaz a probléma megoldódott.
Még jó, hogy nem csináltam teljes rendszer újratelepítést a home könyvtár meghagyásával, mert gyanítom, hogy semmit nem értem volna el vele. Valamilyen beállítás szállhatott el, bár azt még mindig nem tudom, hogy miért.
Mindenesetre az továbbra is rejtély számomra, hogy hogyan lehet az, hogy 100% a CPU használat de sem a top, sem más process figyelő nem mutatta meg, hogy mi indukálta ezt.