Nézd, ez a te felhasználói szokásaidtól függ. Ha a feltelepített rendszert csak netezésre, zenehallgatásra akarod, akkor elég a kisebb. Nekem jelenleg 15G a /-em, és elég sok program fel van rakva. A /home-om 550GB, a maradék a w7, igaz jó 2 hte el se indítottam. Lényeg ami lényeg. Ha le is töltögetnél, meg mondjuk wine-vel feltennél 1-2 játékot is /home-ba akkor ajánlott a nagyobb. De mondom ez leginkább egyén specifikus. Gondold végig, hogy mire, és hogyan akarod használni, és egyből ki fog kristályosodni, hogy melyiket célszerű használnod.
Szerk.: Mivel mindkét HDD IDE-s, teljesítmény csökkenést szerintem nem sokat tapasztalnál. Max akkor lehetne, ha a nagyobb SATA-s, a kisebb IDE-s és a kisebbre rakod.