Ha a fentiek nem jönnének be:
Esetleg a BTRFS-el (vagy bármilyen snapshot-ok kezelésére képes fs-el) kísérletezni, snapshot-ot tolni a teljes fájlrendszerről, aztán a tisztelt user kijelentkezése után meg ezt visszaállítani. Gondolom valami egyszerű szkriptet lehet rá írni.
Btw, a root jelszót, ha nem adod meg senkinek (miért is adnád?), akkor tényleg elég csak a home mappát törölni mindegy egyes kijelentkezés után.
Esetleg létrehozni valami speciális, korlátozott user-t, aki mondjuk nem írhat a lemezre, vagy eleve erre kitalált disztrót használni.(pl webconverger)