crokA beállításokat megtartottad, vagy mindent újonnan állítottál be, a régiből nem hagyva semmit (na jó, az adatbázisokat gondolom megtartottad)? Esetleg van valami beállítás/ok, amiket nem szeret, vagy időnként ütköznek egymással. (Még egyszer mondom, nem értek a szerverüzemeltetéshez, csak találgatok.)
Hardver:
Ha már minden (tényleg minden?) ki volt cserélve, a memóriát nem tudod, akár ideiglenesen is, kicserélni?
A (táp)hálózat mennyire stabil?
Ha jól értettem, akkor több gép is funkcionál egymás mellett, és a többivel nincs gond. A tápja ennek a gépnek megfelel, nem öreg, ha cserélve volt, teljesítményben ugyanakkorát kapott, vagy nagyobbat?