raénAkkor feldolgozáskor, mielőtt beteszed az adatbázisba, azt, és arra cserélhetsz, amire akarsz.
A fentebb már emlegetett str_replace() erre használható.
A megjelenítésre küldött (már mentett) sztringben csak olyasmi legyen, ami nem okoz gondot az alert-nek.
Részemről nem használnám ezt az alert-et ilyesmire. Nálam például, ha hosszú szöveget akarok megjeleníteni, az egy új oldalt jelent (Tovább >>>).
Az általad emlegetett lenyíló doboz is jobb megoldás, mint az alert. (Egyébként az is JS-t használ, ha nem tévedek, csak nem külön ablakot nyit.)
Ajax-al is lehet ilyen dolgot csinálni, a dobozban megjelenik egy rövid részlet meg egy link (..., de lényegtelen), és klikkelésre lekéri az egész szöveget a szerverről, csak azt az egy dobozt frissítve, vagy bárhol máshol megjelenítve az oldalon.
Nézz szét a prog.hu-n, sokan kerestek már megoldást ilyesmire. Akár kérdezhetsz is, ha valamit nem értesz, de először mindenképpen keresgélj (hajlamosak elhajtani a „felkészületlen” kérdezőt, és igazuk is van).