egy apache-csal is meg lehet csinálni, csak vhostokat kell konfigolni.
ha minden vhost eltérő porton érhető el, nem fogsz belekeveredni, mikor melyik php megy :)
pl Listen 8052 az 5.2-es, és vagy külön 8053 az 5.3-hoz, vagy azt hagyod a standard 80-ason.
a rendszerét hagyod modulként az 5.2-őt bekonfigolod cgi-nek, akkor semmi gond. én nem futtatnék 2 apacsot, mert felesleges, ha frissül, akkor kettőt kell frissíteni, külön macera. az error.log-ok mindenképpen legyenek elkülönítve
ha ennyire el kell különíteni, akkor inkább a lighttpd-t használnám az egyikhez, vagy az nginx-et