A legtöbb pendriveon terjedő vírus ellen hatékony védekezés egy autorun.inf nevű mappa létrehozása, majd írásvédetté, rendszerré, meg védetté, meg minden ilyenné tevése.
(Azok a vírusok amikkel én találkoztam mind azt használták ki, hogy a windowsok default beállítások szerint az autorun.inf-et bambán, ész, és kérdezés nélkül végrehajtják. Ha autorun.inf fájlt csinálsz azt felülcsapják, de arra általában nem készültek fel, hogy ilyen mappa is lehet.)