Telepíteni szeretnéd rá a két fentebb említett rendszert?
Mert ha igen, akkor felejtsd el, a linuxot (Ubuntu) ext2-3-4 file rendszerre telepítjük.
Persze lehet reiserfs-re, meg btrfs-re is telepíteni, meg a jó isten tudja még, hogy mire, de az Ubuntunak az alapértelmezett file rendszere az ext4, nem véletlenül, mert erre van fejlesztve.
Ha fájlokat akarsz csak tárolni rajta, akkor végül is mindegy, hogy FAT32, vagy NTFS.
A az egyik különbség az, hogy a FAT32 nem kezel 4GB-nál nagyobb méretű fájlokat, míg az NTFS igen.