Ha a szervert proxyként használják, akkor javasolnám a squid használatát, amit rendkívül jól be lehet állítani az igényeknek megfelelően.
Ha mindenképp ezt a megoldást választod, akkor iptables-el tudsz csak sávszélességet limitálni.
Itt egy elég jó leírás: http://szabilinux.hu/bandwidth/index.html