A kérdésben ott a megoldás is:
At least one output file must be specified
Az ffmpeg konvertáló, nem gondolatolvasó!
Tegyük fel, hogy avi fájlt akarsz létrehozni xvid video és aac hanggal, a felbontást változatlanul hagyva! Ekkor a helyes parancs:
ffmpeg -i video.wmv -vcodec libxvid -acodec libfaac -f avi video.avi