Szia,
Szerintem először fájlméret, majd md5 összehasonlítást csinálj:
find -not -empty -type f -printf "%s\n" | sort -rn | uniq -d | xargs -I{} -n1 find -type f -size {}c -print0 | xargs -0 md5sum | sort | uniq -w32 --all-repeated=separat
Ez nem fog kitörölni semmit, csak kilistázza a redundanciákat. (Különböző fájlnév esetén is)