pharesudo rkhunter --update ez értelemszerűen updateli az adatbázist (meg mást is)
rkhunter -c vagy --check ez meg elvégzi az ellenőrzést, és a végén kiírja, hogy mit talált, ha talált valami. innentől kezdve a találattól függ, hogy mit kell tenni. frissen telepített rendszernél, és ha később nem mész csúnya oldalakra, nem telepítesz bármilyen szedett-vedett programot, akkor általában nem talál semmit. ha igen, akkor majd kérdezz, okosabbat nálam.
viszont kicsit nézelődj, olvasgass a linuxról, keress rá a neten a linux parancsokra. a 'man programnév' a programhoz tartozó manualt nyitja meg (ha van) terminálban. ebben böngészve sok mindenre fogsz választ kapni, még több kérdésed lesz, guglizol, kérdezel a forumokon, és így tovább. sok sikert. :)