Megoldódott a probléma...
Hogy hogyan, az igen érdekes számomra. Újratelepítettem az IDE-t. Ismét letöltöttem, és indítottam az install.sh-t. A telepítés után minden a legnagyobb rendben működött. Megvolt (megvan) a soros port, és a panel csatlakoztatása után az USB is. Azt mondanánk, csak egy hibás telepítés volt, de van valami amit nem értek. Amit most feltelepítettem, az a 1.8.9-es verzió. Ez van a keretben fenn, és ez az, ami feltűnt. Az előző telepítés után a keretben ez díszelgett: Arduino 2:1.0.5+dfsg2-4.1 Ezt azért tudom ilyen pontosan, mert készítettem a menüről egy képernyőfotót. Amikor problémáim adódtak a programmal, ellenőriztem a verziószámot, mint lehetséges hibaforrást. Akkor úgy értékeltem, ez a 2... verzió, tehát 2. feletti. Most ez már egész más színben tűnik fel, bár még mindig nem tudom értelmezni ezeket a számokat.
A csavar a dologban az, hogy fogalmam sincs honnan származott az a telepítő, mivel akkor is a honlapról töltöttem le, de ott most nincs más, csak az 1.8.9 és az 1.9.0 fejlesztői verzió.