Igen, ebbe én is belefutottam, a legegyszerűbb megoldás, ha:
1. megnyitod a saját mappád
2. nyomsz egy ctrl+H-t
3. bemész a: ~/.local/share/applications-ba
4. ott kitörlöd ami nem kell (wine mappában)
5. menj vissza a: ~/.local/share-ig
6. az icons mappából töröld ki azokat az ikonokat, amik nem kellenek
7. jelentkezz ki és vissza
Másik megoldás, ha jobb egérgombbal klikkelsz az alkalmazások szövegen (a menüt előhívó gombbon), menük szerkesztése, és ott kitörlöd. Ezzel csak az a baj, hogyha mégis visszateszed a kitörölt alkalmazást, akkor nem fog a menübe visszakerülni az ikonja, ezért jobb az előző megoldás.