Sziráki Tamásaz, amit te mondasz, csak az mbr-ből kiszedi a boot loadert (grub, lilo). A Linux maga nem tűnik el az mbr felülírására, csak a bootmenü.
Viszont ha törli a linuxos partíciókat, akkor pedig meg fog maradni a boot menü, így vélhetően az mbr-t is felül kell írni. Ezt Recovery Console-ból a fixmbr paranccsal meg lehet tenni.
Ha nem akar Recovery Console-t használni, akkor http://www.sysint.no/en/Download.aspx oldalról az "mbrfix" nevű program is eltünteti a boot-menüt.