Nem tudom pontosan mire gondolhatsz, de (compiz nélkül) a Metacity ablakkezelő egy 4-5px vastag fekete keretet hagy egy kis ideig maga után bezáráskor. Ez nem bug hanem feature...
Ha félreértettem valamit, akkor esetleg az egyértelműség kedvéért küldj egy screenshot-ot, ha sikerül lekapni, nem könnyű... :D