Asszem ha jól értem, másik adatbázis kezelő rendszert akarsz használni.
Ha mákod van, akkor a MySQL és az MS SQL 2000 között nem lesz nagy különbség.
Egy sima exportálással megoldhatod.
Ha nem, mindenhol le kell cserélni a megfelelő szintaktikára, amit a MySQL befogad.