Szia!
Alapvetően szerintem az a probléma, hogy a letöltések heje nem azonos a két rendszeren. Értem ez alatt, hogy winnél c: d: stb, míg linux alatt hd0 sd0 stb. Ezen mit sem változtat az a tény, hogy wine alatt van egy virtuális c: meghajtó, ami a saját home könyvtáradban található alkönyvtárat takarja. Valamint a használni kívánt partíciókat használat előtt csatolni kell linuxnál. Szerintem ezért nem fogod tudni (legalábbis egyszerűen) megoldani ezt a problémát. Manuálisan hamarabb célt érsz, a szokásos mind két rendszeren kézzel megnyitott torrent fájlokkal és fix (ntfs) partíción tárolt letöltésekkel. A kliens (utorrent, vuze stb) autómatikusan ellenőrzi a letöltött adatokat, így aztán ott folytatod az egyiken, ahol abbahagytad a másikon.