Kicsit kerülő módon, de megoldódott 🙂
Az lett a megoldás, hogy az acme v2 kliens simán felment, és ez le is generálja a certifikációkat, csak nem oda ahova korábban a certbot csinálta. Az apache site conf fájlokban átírtam az elérési utat, és így oké lett. Az acme.sh meg elketyeg cron alatt, majd megújítja amikor kell. A végleges megoldás úgyis a teljes szeró rendbetétel lesz.