Szerintem te nem live rendszert akarsz csinálni. Ha teljes értékű rendszert akarsz (tehát kikapcsoláskor megmaradnak a beállítások), akkor szimplán feltelepíted a telepítő CD-vel a rendszert a pendrivera (mintha merevelemezre telepítenél, csak ki kell választani, hogy ne a merevlemezre pakolja a fájlokat, hanem a pendrive-ra).
Azt mondják ilyenkor érdemes ext2 fájlrendszert használni, mert az nem naplóz, és kevesebbszer írja-olvassa a pendrive-ot. De nekem mindig kifagyott a telepítő ext2-vel (ext4-el működik).
ui.: persze live rendszernél is megoldható, hogy a beállítások mentődjenek, de az korlátozza a lehetőségeket.