Megcsinálod a 2 külön congfig fájlt és terminálból elérési útvonallal indítod a conky-t.
Valahogy így:
conky -c /"útvonal"/conky1.conf
conky -c /"útvonal"/conky2.conf
Ezeket beteheted az indítópultba is, akkor a rendszerrel indulnak.
Arra figyelj, hogy a 2 conky ne takarja egymást.