Próbáld meg ezt: katt egy mappára -> megnyitás más alkalmazással -> betallózod az /usr/bin/nautilus -t -> beállítás alapértelmezettnek.
Gnome commander (nagyon nem ismerem) , de : valószinüleg a beépitett nézökét akarja használni, az meg valószinűleg nem tud pdf -et megnyitni.
Keresd meg a beállításai között, hogy NE a beépitett nézökéjét használja, hanem a külsöt.