Nekem volt hasonló esetem, csak nem a /home, hanem a rendszerpartícióm telt meg. Több gigás logfájlok keletkeztek, emlékeim szerint három, miközben a rendszer, érzésem szerint, normálisan működött. Töröltem őket, és semmi gondom azóta se, nem jöttem rá, hogy mi okozta. (A gedit belepusztult, nem tudta megnyitni sem, akkorák voltak.)
Nekem a /home külön van, ha nálad egyben van a rendszerrel, akkor nézz bele az /var/log mappába, néhány száz KB-os fájlok lehetnek, ritka a megás köztük normális esetben.