malvin"Nagyon nem szokta szeretni."
Persze, mert az esetek többségében a rendszerleíró adatbázisba (registry) is kerül információ az adott alkalmazásról és annak helyéről, és, ha erről megfeledkezünk, akkor - ahogy írod - valóban gondok lehetnek.
De, egyszerűbb oda installálni, ahová szeretnéd, de csomagkezelő útján történő telepítés esetén - és ez az általánosabb - a linuxban ez a legritkább esetben történik meg: a .deb fájlokban leírt helyekre kerülhetnek csak a program állományai. De a vindózos programok esetében sem túlzottan célszerű ettől eltérni, ennek okáról lejjebb írtam.
Amúgy szerintem érdemes volna a krusadert kipróbálni, kinézetileg nagyon hasonlít a total commaderre, de jobban be van integrálva a rendszerbe.