A példafájl alapján, az "=" jel előtt, és utána is szóköz van! Az nem lehet a hiba oka?
# GDM configuration storage
#
#See /usr/share/gdm/gdm.schemas for a list of available options.
[daemon]
#Enabling automatic login
AutomaticLoginEnable = true
AutomaticLogin = YOUR_ACCOUNT_NAME
http://askubuntu.com/questions/228852/autologin-not-working-on-gdm-with-ubuntu-11-10-and-12-04